Очные занятия Школы проводятся два раза в год, преимущественно во время школьных каникул.
Участники Школы получают возможность прослушать курсы необходимых дисциплин, лекции известных ученых — астрономов и астрофизиков, поучаствовать в астрономических наблюдениях, пообщаться с практикующими учеными, ознакомиться с современными методами астрофизических исследований и научным оборудованием, получить опыт исследовательской работы, попробовать себя в решении конкретных научных задач.
В заочный (межшкольный) период ученики выполняют промежуточные теоретические и практические задания, готовятся к очередному этапу участия в Школе.
Первый набор в Астрофизическую школу прошел в 2016 году, а первый выпуск состоялся в 2019.
В 2020 году 45 восьмиклассников, пройдя конкурсный отбор, стали участниками АФШ «Траектория» второго набора.